MSAP可以检测不同样本基因组DNA甲基化的差异，通过不同限制酶识别甲基差异的特性来获得差异扩增片段的一种分子标记，是AFLP方法的延伸。
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AFLP标记技术是1993年由荷兰的Zabeau和Vos提出的。广泛应用于生物多样性，指纹图谱的构建，遗传图谱的构建，基因克隆等诸多研究领域。
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ABI 7900HT兼容96孔板，384孔板和Taqman低密度表达谱芯片，满足细胞、细菌等各种组织高通量的mRNA表达定量和SNP多态性实验的需求，验证基因表达芯片及siRNA干扰的实验结果。
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一、聚丙烯酰胺电泳(PAGE)银染的方法，适用小样本量实验，节省实验成本。二、ABI测序仪对荧光标记片段进行检测，加上分子量内标可以对DNA片段长度进行计算，使AFLP分析高效快捷。
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Pyrosequencing焦磷酸测序技术是全新的DNA测序技术，基于酶催化化学反应的测序技术，不需要使用荧光标记，定量性能好。焦磷酸测序技术多用于SNP分析、等位基因频率测定、基因甲基化分析等。
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通过简单的、经过优化的体系，生物芯片与实时定量PCR的完美结合——PCR Array，可以同时研究大量基因，既可以进行某些特别感兴趣的信号通路的研究，也可以作为验证芯片结果的方法。
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SSR标记是基于DNA长度多态性的分子标记技术，具有共显性与高度可重复性，是研究群体遗传学、进行分子标记辅助育种、系谱分析和法医鉴定的理想工具。因SSR标记种族特异性,必须采用特异引物进行PCR检测。
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通过荧光标记的PCR引物扩增微卫星位点区域序列，采用ABI 3730XL同时对96个样品的荧光PCR产物进行测序，30分钟-2小时之内完成微卫星位点区域的序列大小及微卫星位点数量的检测工作。
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ISSR(inter simple sequence repeat)简单重复序列间扩增，利用了RAPD技术的优点和基因组中丰富的SSR序列信息。揭示样本间的遗传多样性。
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