基因表达谱芯片可使科研工作者实现在mRNA水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它与传统的研究基因表达的方法（如差异cDNA文库筛选、Northern blot和PCR）相比较，可为使用者节省大量的研究经费和时间， 并获得范围更广、更具有关联性的研究结果。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中（如疾病、发育、分化、凋亡等）基因表达变化的全面信息。目前已经广泛应用于基因表达检测、基因功能研究、新基因识别、药物靶点筛选、药物作用机理和毒理、疾病相关基因和生物标记物等众多研究领域。
SBC可为客户提供Affymetrix、Agilent、Illumina等基因表达谱芯片服务。
服务推荐
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芯片名称 |
芯片介绍 |
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人表达谱芯片服务
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Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array |
此款芯片包含了47,000个转录本，代表了38,500个明晰的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、 UniGene database(Build 159 January 25 2003)、 Washington University EST trace repository、 NCBI human genome assembly(Build 31)。 |
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Affymetrix GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 NEW! |
高分辨率的基因芯片，支持所有转录本异构体的全转录组分析，包含超过六百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本。 该芯片为每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针，确保每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。重复性高（批内相关系数≥0.99），所有检测过的组织观察到的变异系数（CV）<6.5%。样品类型既包括新鲜冻存样品，也包括FFPE 样本。 |
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Affymetrix GeneChip PrimeViewTMHuman Gene Expression Array |
新版人3’ IVT表达谱卡式芯片，利用GeneChip® Scanner |
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Affymetrix GeneChip Human Gene 2.0ST Array |
Affymetrix新一代全转录本芯片，在一张芯片上可以同时检测mRNA和lincRNA，在其上一代1.0 ST Array的基础上，该芯片内容进一步丰富并更新数据库。2.0 ST Array有更多的优点：全面覆盖转录组，可以同时检测>30,000个编码的转录本和>11,000个长链非编码转录本；探针设计大程度覆盖所有外显子，可检测选择性拼接/转录本变体。每个转录本覆盖特异探针的数目中值达到21种，每种探针的长度为25bp，这意味着每个转录本将被检测的碱基数中值高达525个；重复性高；灵敏度高。
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Agilent Whole Human Genome Oligo Microarray 4×44K Kit |
Agilent 的人全基因组表达谱芯片汇总目前所了解的人类全基因组序列信息，代表了超过41,000人类基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名数据库的深入研究，并与人类基因组拼接进行比对。绝大多数探针经过 Agilent**的实验验证程序的检验和优化。 |
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Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v2 Microarray Kit |
新一代的安捷伦人类表达谱芯片，包含了新公布的人类lincRNA以及TUCP目录，据RefSeq数据库更新了mRNA，其探针覆盖49,000个转录本。 |
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Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K Kit |
安捷伦人类表达谱芯片，基于G3平台。除了涵盖27,958条Entrez Gene RNAs外，更涵盖7,419条lincRNA。不仅能检测蛋白编码RNA表达量的变化，也能检测非编码RNA的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 36.3；Ensemble Release 52；Unigene Build 216；GenBank (April 2009)。非编码RNA探针是和John Rinn 实验室（隶属于麻省理工学院-哈佛大学博德研究所）共同设计的。 |
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Illumina HumanHT-12 v4 Expression BeadChip
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该全基因组表达谱芯片包括超过47,000个探针，覆盖31,000多个注释基因，可同时检测12个样本。信息来源RefSeq 数据库 ( Release38)，UniGene 数据库 (Build 199)。 |
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小鼠表达谱芯片服务
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Affymetrix GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Array |
Affymetrix 小鼠基因组430 2.0芯片涵盖了39,000个转录本，代表34,000个明晰的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database。 |
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· Affymetrix GeneChipMouse Transcriptome Assay 1.0 NEW!
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高分辨率的小鼠基因芯片，支持所有转录本异构体的全转录组分析，覆盖超过23,000个编码基因(其中包括超过114,000个转录本; 332,000个外显子以及215,000个外显子簇)和超过55,000个非编码基因（其中包括101,000个转录本; 222,000个外显子以及162,000个外显子簇）。该芯片为每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针，确保每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。重复性高，批内相关系数≥0.99。样品类型既包括新鲜冻存样品，也包括FFPE 样本。这种芯片的应用将加快人类疾病的临床前研究，提高了从小鼠模型研究转化到人类疾病研究的成功率。 |
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Affymetrix GeneChip Mouse Gene 2.0 ST Array |
小鼠全转录本芯片，在一张芯片上可以同时检测mRNA和lincRNA，可同时检测>35,000个编码的和非编码的转录本及>2,000个长链基因间非编码转录本 |
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Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray, 4×44K |
Agilent 小鼠全基因组表达谱芯片真正代表小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过 41,174 个小鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等知名数据库的深入研究，而且绝大多数探针经过Agilent**的实验验证程序的检验和优化。 |
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Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K Kit
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安捷伦新设计的小鼠表达谱芯片，基于G3平台。除了涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外，更涵盖16,251条lincRNA。不仅能检测蛋白编码RNA表达量的变化，也能检测非编码RNA的表达量变化。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。 |
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Illumina MouseRef-8 v2 Expression BeadChip |
该全基因组表达谱芯片包括约25,600个转录本, 参考数据库为：NCBI RefSeq（Build 36, Release 22）。 |
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Illumina MouseWG-6 v2 Expression BeadChip |
该全基因组表达谱芯片包括约45,200个转录本，参考数据库为：NCBI RefSeq（Build 36, Release 22）；RIKEN FANTOM2；MEEBO。 |
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大鼠表达谱芯片服务
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Affymetrix GeneChip Rat Genome 230 2.0 Array |
Affymetrix 大鼠基因组230 2.0芯片包含有31,000个probe sets，代表28,000个明晰的大鼠基因。序列信息基于GenBank , dbEST, RefSeq等权威数据库。 |
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Affymetrix GeneChip Rat Gene 2.0 ST Array
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大鼠全转录本芯片，在一张芯片上可以同时检测mRNA和lincRNA，可同时检测>27,000个蛋白编码转录本及>23,500个 Entrez基因 |
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Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray, 4×44K |
Agilent 大鼠全基因组表达谱芯片真正代表大鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本，代表了超过 41,012 个大鼠基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeq、Ensembl、Unigene 和GenBank等知名数据库的深入研究，而且绝大多数探针经过Agilent**的实验验证程序的检验和优化。 |
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Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K Kit |
安捷伦新设计的大鼠表达谱芯片，基于G3平台。涵盖30,003条Entrez Gene RNAs。探针设计参照的数据库为：RefSeq Build 36.2；Ensembl Release 55；Unigene Build 177；GenBank (January 2009)。 |
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SBC提供其它物种的表达谱芯片：
Affymetrix 3' IVT Expression Array: 拟南芥、苜蓿、稻、大豆、大麦、小麦、柑橘、棉花、玉米、白杨、甘蔗、西红柿、葡萄、酵母、果蝇、秀丽隐杆线虫、牛、犬、鸡、猪、恒河猴、非洲爪蟾、热带爪蟾、斑马鱼。
Affymetrix Gene 1.0 ST Array : 拟南芥、苜蓿、稻、大豆、果蝇、秀丽隐杆线虫、牛、犬、鸡、猪、恒河猕猴、食蟹猕猴、马、猫、豚鼠、狨猴、羊、兔、恒河猴、斑胸草雀、斑马鱼、番茄。
Agilent 3' IVT Expression Array：拟南芥、苜蓿、稻、大麦、棉花、芸苔属植物、烟草、西红柿、小麦、酵母、大肠杆菌、稻瘟菌、果蝇、秀丽隐杆线虫、蚊子、牛、犬、鸡、猪、马、恒河猴、兔、三文鱼、羊、非洲爪蟾、斑马鱼。
FFPE样品的表达谱芯片服务
芯片推荐：Illumina Human Whole-Genome DASL HT Assay BeadChip
芯片介绍：Human Whole-Genome DASL（cDNA介导的退火、选择、延伸和连接）Assay是一个能从低丰度或部分降解的人RNA样本中产生全基因组表达图谱的优化整合系统，特别适用于那些来自甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织的RNA样本。芯片覆盖约29,000个转录本。信息来源RefSeq 数据库 (Build 36.2, Release 38)。
芯片推荐：Affymetrix Almac XcelTM Array
芯片介绍：Almac XcelTM芯片是目前市场上一款为福尔马林石蜡包埋(FFPE)样本设计和优化的3' 端表达谱芯片。芯片包含了针对97,000多个转录本的探针组，其中许多是其他芯片没有的。芯片约70%内容与GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 芯片的内容相同。还有8%是U133 plus 2.0芯片未包含的经过验证的RefSeq更新信息，其余22%来自高质量的Almac公司内部测序数据和验证过滤后的公开数据。
Affymetrix GeneChip Human Transcriptome 2.0 Array和Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array这两款芯片在我们已经服务过的FFPE样品表达谱检测应用中也同样表现优异。
服务相关
样品要求（非FFPE样本）
1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.9～2.2 之间；DNA 应该去除干净。
2. 样本完整性：Agilent 2100 RIN≥ 7，且28S/18S≥ 0.7。
3. 样品浓度：最低浓度不低于100ng/µl。
4. 样品总量：每个样品总量不少于2µg。
5. 样品溶剂：要溶解在RNase-free H20或RNase-free TE (pH 8.0)中。
6. 样品运输：RNA用冻存管保存，并用干冰或液氮运输；
