VariantProTM是基于多重PCR的一步式靶向测序文库制备技术。
您只需进行一次优雅而简洁的一步式PCR反应,即可完成从样本到上机测序前的准备,而无需进行额外的连接和扩增反应!
LC Sciences(联川生物美国母公司),**的基因组学和蛋白质组学技术研发者,近日宣布,正在为VariantPro™靶向测序文库制备系统招募Beta测试者,这是一项创新的基于多重PCR的靶向文库制备技术。这一系统提供了高性价比,最少人工操作,以及超高分辨率的序列分析,确保了对罕见变异进行准确检测。此系统采用创新的Relay-PCR™和Omega-Primer™技术(已进行**以及商标注册申请)。我们将与Beta测试人员合作收集测试数据集,通过测试复杂样品类型和挑战项目设计建立该技术的检测极限,并开发用于临床的标准版本。
高通量测序技术(NGS)已经对功能基因组学研究产生了巨大影响,而它们的常规临床应用也即将来临。尽管全基因组测序现在是可行的,然而仍有许多场景需要超高分辨率的分析,例如检测罕见疾病携带的变异,或是确保临床检测的准确性和重复性。此外,像是在精准医学中,只关注几个特定的基因或基因组区域时,或是时间,费用,和数据存储成为限制因素时,靶向测序是一个合乎逻辑的选择。
现有的靶向文库方法存在着均一性差,序列脱靶,操作流程繁复,操作时间长,以及高昂的前期设备投入等问题。LC Sciences研发的VariantPro™是一个简洁且稳定的多重PCR系统,有效地克服了前述所有问题。
VariantPro™系统的第一个创新是采用Relay-PCR™。在该体系中,一对通用引物和多对特异性引物与基因组DNA混合在一个样品管中。运行一次PCR会无缝连接两种功能独立的反应阶段,即靶标复制和文库扩增。这个设计带来了显著简化的工作流程,整个过程只需10分钟人工操作,却可以制备出多达20,000个Amplicons。新策略给多重PCR带来深刻的变化,通过限制特异性引物只在最初靶标选择的两个循环中发挥作用,并能够自动切换到通用引物进行余下的文库扩增循环。这种接替——转换到通用引物的策略消除了传统多重PCR中扩增子与扩增子间出现变异的重要因素,即特异性引物间存在的引物效率差异,当它们作为扩增引物时,会被指数级的扩增。
VariantPro™系统的另一个创新是Omega-Primer™。该引物由三个功能区组成:5p臂设计保证了稳定的结合相应的模板,3p臂设计会双重检查序列特异性并启动聚合酶延伸,以及两个臂之间的分离段。使用两个独立的结合区给引物设计提供了自由度,平衡了引物特异性和结合强度。Omega-Primer通常具有比常规引物更短的3p臂,因而统计学上,在多重PCR体系中它们具有更低的机会形成可扩增的引物二聚体。此外,只有短的3p臂引入扩增产品,才能在测序中将真正的模板序列最大化。
LC Sciences同时开发出了一套新的定量预测PCR反应表现的算法,同时已将这些算法引入用于多重PCR引物设计的程序中。
按Chris Hebel,LC Sciences商务拓展部副总裁的说法,“不同于目前的多重PCR靶向测序文库方法受到序列偏好、繁复的工作流程,以及高昂的前期设备投入等因素的制约,VariantPro™有效平衡了均匀性,特异性,覆盖度,以及多重水平,而这些只需要在一个常规的PCR仪器上使用Relay-PCR进行一个优雅而简洁的一步式反应,同时只需要很少的人工操作和更低的样品测序深度。”
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凡在2015年8月31日前提交申请,
即有机会以最低5折的价格体验VariantPro™系统令人愉悦地靶向测序文库制备过程。
点击查看:国际知名基因组专业网站GenomeWeb专题报道VariantPro™系统
点击查看:VariantPro™产品说明与性能参数